經過與一十一(神木隆之介 飾)的惡戰,瀨文焚流(加瀨亮 飾)身受重傷,命幾不保。在此期間,青池里子(栗山千明 飾)隨女兒小潤(森山樹 飾)悄然離開醫院;而各國政要的一次關于簡單計劃的秘密會議上,自稱卑彌呼的日本代表抹殺所有人,他代表SPEC持有者正式向普通人類宣戰。世態險惡的當下,瀨文急急出院,和當麻紗綾(戶田惠梨香 飾)一同調查青池母女的行蹤。而野野村組長(龍雷太 飾)則獨自行動,查找簡單計劃病毒疫苗的下落。新的SPEC持有者交替登場,殘酷的殺戮卻從未停止。關于前人類的秘密昭然若揭,慘烈浩大的人種戰