1949年,解放軍和平解放新疆,新疆軍區成立,甘祖昌擔任后勤部副部長。當時,敵特支持投機倒把分子新疆擾亂物價,大肆壟斷黃金銀圓,妄圖從經濟上困死解放軍,甘祖昌低價將銀圓投入流通市場,打擊奸商氣焰,穩定市場,穩定新疆政局。其后,敵特分子為報復甘祖昌制造車禍,令他頭部重傷。1955年甘祖昌被授予少將軍銜,和他同村同時入伍的李保山則授校銜。李對甘很嫉妒,違紀后被解職回鄉。甘祖昌腦震蕩后遺癥嚴重,自覺不在適合服務軍隊,加之回家后看到家鄉雖解放但生活仍貧困,自請辭職,解甲歸田,回到老家江西蓮花縣沿背村。回鄉后,他不辭辛勞,繼續為家鄉經濟建設做貢獻。他排除萬難,修整水旱田,修建水庫,創建公社農科所等,使農民生活大有改善。甘祖昌不戀高位而選擇奉獻,不圖享受而甘于奮斗的精神成為領導干部的楷模,時代的先鋒。