主角有馬拓也為一個(gè)無(wú)所事事的高中生,他父親是歷史學(xué)家,卻在研究時(shí)失蹤,留下他與繼母兩人相依為命。暑假時(shí)主角收到父親寄來(lái)的包裹,里面有一個(gè)羅盤和三顆水晶珠,以及一封寫著「時(shí)間是可逆的,歷史是不可逆的」云云以及一些關(guān)于平行世界概念的信,并交待主角晚上去當(dāng)?shù)赜忻牡貥?biāo)劍之岬去見一個(gè)人。拓也晚上如約來(lái)到劍之岬,發(fā)現(xiàn)自己的繼母亞由美和父親研究夥伴龍藏寺幸三都在場(chǎng)。原本和藹的龍藏寺突然翻臉要有馬把收到的郵包交出來(lái),并拔出槍來(lái)威脅他,千鈞一發(fā)之際,一道閃電落下劈在了神社的御神石上,拓也就此暈去。等拓也甦醒過(guò)來(lái)周圍已經(jīng)旁無(wú)一人,回家睡了一覺后才發(fā)現(xiàn)不對(duì)勁。繼母和龍藏寺完全不記得昨晚發(fā)生的事情,此時(shí)他才發(fā)現(xiàn)原來(lái)父親寄給他的遺物是可以讓人在平行世界自由穿梭的神奇道具,于是他為了找到父親真正的下落展開了一系列調(diào)查。