「光明之心」的故事始于某一天,一位神秘少女輝夜在溫達(dá)利亞島的海岸上被男主角里克發(fā)現(xiàn),其后更發(fā)現(xiàn)她的記憶和感情均已失去,而通過與島上居民進(jìn)行心靈交流,輝夜也一點(diǎn)點(diǎn)地取回了感情。與此同時(shí),本身和平的溫達(dá)利亞島卻引來了大量的海賊,原來這些海賊的目的都是想拿走輝夜頸上戴著的靈石。為了幫輝夜取回她的記憶和感情,同時(shí)也為了再次恢復(fù)溫達(dá)利亞的和平,同樣因?yàn)槟撤N原因漂流到了溫達(dá)利亞,并在島上的魔法面包屋工作和生活著的里克,決定與一同在面包屋工作的三位女主角蕾麗絲、艾亞麗及亞米露一同展開冒險(xiǎn)之旅。