第二集中,尼奧(基努·里維斯 Keanu Reeves 飾)沒(méi)有能從內(nèi)部摧毀“母體”,他的身體在真實(shí)世界的飛船上陷于昏迷,思想?yún)s被困在介于“母體”和真實(shí)世界的中間地帶,這個(gè)地方由“火車(chē)人”控制。墨菲斯(勞倫斯·菲什伯恩 Laurence Fishburne 飾)和崔妮蒂(凱瑞-安·莫斯 Carrie-Anne Moss 飾)等人知道了尼奧的情況,在守護(hù)天使的帶領(lǐng)下, 找到了“火車(chē)人”的控制者梅羅紋奇,經(jīng)過(guò)一番激斗,將尼奧救了出來(lái)。 此時(shí),電子烏賊部隊(duì)對(duì)錫安發(fā)起了猛烈的攻擊,人類(lèi)組織所有機(jī)甲戰(zhàn)士展開(kāi)頑強(qiáng)的抵抗,形勢(shì)危在旦夕;尼奧和崔妮蒂駕駛了一艘飛船克服重重困難,到達(dá)機(jī)器城市,尼奧終于見(jiàn)到了機(jī)器世界的統(tǒng)治者“機(jī)器大帝”,雙方談判并達(dá)成了協(xié)議:尼奧除掉不受“母體”控制的史密斯,以換取錫安的和平。 在“母體”中,尼奧和史密斯展開(kāi)了關(guān)系人類(lèi)生死存亡的最后決斗。